Миядзаки родился в Токио 5 января 1941 года. Окончив факультет престижного университета в 1963 году, он получает образование экономиста и политолога. Будучи студентом, Миядзаки глубоко интересовался детской литературой и прочитал множество книг, написанных для детей авторами всего мира. В конце 50-х Миядзаки познакомился с анимацией, его первые фильмы: «Легенда о Белой Змее» Окабэ Кадзухико и «Снежная королева» Льва Атаманова. Сочетая великолепное редакторское искусство с академическими познаниями, Миядзаки получает работу в Toei Animation. С этого момента начинается его анимационная карьера.
В Toei Animation Миядзаки состоял на должности рядового аниматора и дизайнера, участвовал в создании ТВ-сериалов и полнометражных фильмов.
Примерно на это время приходится знакомство Миядзаки с Такахатой Исао, будущим напарником и хорошим другом. Судьба свела их на профсоюзном поприще, благодаря которому у обоих постоянно возникали стычки с руководством. Однако это не помешало им проработать на студии вплоть до 1971 года.
В 1971 году Миядзаки с друзьями решает экранизировать сказку Астрид Линдгрен «Пеппи Длинный чулок», для чего основывает свою студию, но затея терпит крах, так как владельцы авторских прав не дают согласия на экранизацию. Миядзаки вновь нанимается аниматором на большую студию. На этот раз - это TMS. Помня о недавнем провале с «Пеппи», Миядзаки и Такахата создают фильм «Большая панда и маленькая панда», главная героиня которого - вылитая Пеппи. Вплоть до 1982 года Миядзаки урывками работает на студиях TMS и Nippon Animation. На TMS он создает свой первый и единственный сериал «Конан - мальчик из будущего», а на «Nippon Animation» полнометражный фильм «Люпен III: Замок Калиостро».
В 1982 году, отойдя от анимации, Миядзаки начинает манга-проект «Навсикая из Долины Ветров», которым заинтересовалась студия Tokuma Shoten предложив его экранизировать, на что Миядзаки ответил согласием. В будущем Миядзаки и Такахата будут тесно сотрудничать с Tokuma Shoten, а точнее с ее президентом Токумой Ясуёси.
На этом карьера Миядзаки-наемника завершена. В 1985 году он и Такахата основывают студию Ghibli при поддержке все той же Tokuma Shoten.
В 1986 году на свет появляется первый фильм студии «Небесный замок Лапута», созданный Миядзаки. В дальнейшем он поставит на студии Ghibli следующие фильмы: «Наш сосед Тоторо» (1988), «Ведьмина служба доставки» (1989), «Порко Россо» (1992), «Принцесса Мононокэ» (1997) и кульминационный фильм «Унесенные призраками», за который Миядзаки получает «Оскар».
На данный момент фильм «Унесенные призраками» занимает 1-ое место в рейтинге лучших анимационных фильмов на IMDB.
В 2004 году Миядзаки презентует свой новый фильм «Бродячий замок Хаула», изначально создавать который должен был Хосода Мамору. На венецианском фестивале 2004 года фильму была присуждена «Озелла» за лучшие технические достижения, а осенью 2005 года (также в Венеции) почетный «Золотой лев», но уже лично режиссеру «за карьеру». Нужно заметить, что Миядзаки не любит ездить получать награды, так, например, режиссер не поехал на Берлинский фестиваль, а также на Оскар. Венецианский фестиваль 2005 года (62 по счету) - это редкое исключение из правил, когда Миядзаки все-таки выбрался из своего заточения, правда, случилось это исключительно благодаря настойчивости местной администрации. Тем не менее, Миядзаки очень много путешествует как по своей родной стране, так и по миру, где он изучает достопримечательности, подбирает натуры для своих будущих произведений. Как признается сам Миядзаки, многие ландшафты «Бродячего замка Хаула» навеяны видами Казахстана и Альзаса.